Si alguien ha intentado programar un script que use pyGTK lanzándolo en un hilo aparte se habrá dado cuenta de que bloquea  a todo el proceso, lo que es bastante molesto. La solución es hacer esto desde ese hilo antes de levantar la interfaz: gtk.gdk.threads_init()

Hay más sobre hilos y pyGTK ( esto en concreto no ) en: http:// unpythonic.blogspot.com/2007/08/using-threads-in-pygtk.html

Saludos