El formato matroska tiene una característica (opcional) 'Compressed_Header' que puede traer problemas si intentamos convertir un vídeo desde este formato con mencoder, la forma de crear un archivo sin esta característica es sencilla:

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mkvmerge -o archivo_para_convertir.mkv archivo_original.mkv

mkvmerge forma parte del paquete mkvtoolnix, así que se puede instalar en los derivados de debian con

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sudo apt-get install mkvtoolnix